Pengertian
Infectious disease (penyakit menular) adalah gangguan kesehatan yang disebabkan oleh mikroorganisme seperti bakteri, virus, jamur, atau parasit, yang dapat menyebar dari satu individu ke individu lain melalui kontak langsung atau tidak langsung. Mikrobiologi adalah cabang ilmu yang mempelajari mikroorganisme tersebut, termasuk struktur, fungsi, genetika, ekologi, dan peran mereka dalam lingkungan serta kesehatan manusia.
Next-Generation Sequencing (NGS) berperan penting dalam studi penyakit menular dan mikrobiologi dengan memungkinkan identifikasi cepat dan akurat patogen, mendeteksi gen resistensi antibiotik, serta melakukan pengawasan epidemiologi dan analisis metagenomik. NGS juga memberikan wawasan mendalam tentang genom mikroorganisme, membantu dalam penelitian dasar dan pengembangan strategi pengobatan yang lebih efektif.
Tujuan NGS Untuk Studi Infectious Disease & Microbiology
- Pemantauan patogen
- Pemantauan perilaku hewan
- Pemahaman evolusi patogen
- Edukasi masyarakat
- Perlindungan lingkungan
- Pengendalian vektor
- Pembatasan kontak dengan manusia
- Pengidentifikasian patogen yang cepat
- Diagnosis yang akurat
- Penelusuran kasus secara tepat waktu
- Pengembangan vaksin dengan cepat
Metode
Success Stories Surveilans Penyakit Menular di Indonesia bersama Pandu Biosains
Panel Solusi
General
- Target: Sesuai desain primer (ideal untuk bakteri, virus, khamir, dll)
- Platform: iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000/2000
- Target: kompatibel dengan semua spesies, ukuran target insert 350Bp
- Platform: iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000/2000, NovaSeq 6000, NovaSeq X
Infectious Disease
- Target: identifikasi mutasi resisten terhadap 15 obat anti TB, dan >140 spesies mikrobakteri
- Platform: iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550
- Target: virus influenza A/B
- Platform: iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000/2000
- Target: 98 amplikon Whole Genome SARS-CoV-2, 11 amplikon mRNA untuk kontrol internal
- Platform: iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000/2000, NovaSeq
- Target: mengurutkan seluruh genom 66 virus dengan total 203 strains yang kritikal di Kesehatan Masyarakat
- Platform: MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000/2000
- Target: full genome >200 coronavirus dan varian
- Platform: MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000/2000
- Target: 40 virus pernapasan umum, termasuk SARS-CoV-2
- Platform: MiSeq, NextSeq 550
- Target: 180+ bakteri, 40+ virus, 50+fungi, 1200 antimikrobial, antiviral, antitubercular, resistance alleles, dan 10 kontrol spike
- Platform: MiSeq, NextSeq 550
Teknologi Illumina - suatu keunggulan baru untuk melawan penyakit menular
- Mengenal Patogen Baru dan Karakterisasi Resistensi Obat
- Wawasan untuk pengembangan uji klinis
- Pemantauan patogen dan surveilans genomik
- Manajemen genetika host dan respons imun
- Pengembangan obat dan vaksin
Illumina and GenoScreen Deeplex® Myc-TB Combo Kit
Illumina and GenoScreen Deeplex® Myc-TB Combo Kit
Teknologi NGS Illumina menggunakan kedua metode WGS maupun tNGS telah terbukti penting untuk dapat dimanfaatkan dalam usaha eradikasi TBC di Indonesia. Sebagai contoh, di tahun 2018, kami dan Illumina telah menjalin kolaborasi dengan Kementrian Kesehatan Indonesia untuk surveilans Multi-Drug Resistant (MDR) TB bersama WHO melalui pendekatan Whole-Genome Sequencing (WGS) yang dilakukan pada >1000 sampel kultur.
Selain itu, di tahun 2023, bersama GenoScreen, Illumina telah mengembangkan produk siap pakai, yaitu Deeplex Myc-TB, yang dapat mendeteksi 15 Obat Anti Tuberkulosis (OAT) yang memiliki kecenderungan menjadi resisten pada pasien TB. Pada tanggal 25 Juli 2023, World Health Organization pun mengumumkan bahwa panel tersebut telah memenuhi kriteria kinerja berbasis kelas untuk deteksi resistensi obat anti – TB yang cepat dan ekstensif. WHO mendorong pembuat kebijakan publik untuk segera mengimplementasikan teknologi genomik secara global sebagai tools guna suatu negara dapat bebas TB.
WHO merilis 2 dokumen yaitu WHO Consolidated Guidelines on Tuberculosis (berisikan latar belakang, justifikasi dan rekomendasi dari beberapa teknologi untuk diagnostik TB, termasuk Deeplex® Myc-TB Combo Kit) serta WHO Operational Handbook on Tuberculosis (memfasilitasi implementasi dari teknologi yang direkomendasikan oleh WHO)