Pengertian

Sekuensing genom tunggal (Single Genome Analysis) paling cocok digunakan ketika peneliti sudah mengetahui apa yang mereka cari. Baik itu patogen yang berasal dari koloni mikroba yang diisolasi pada plate kultur atau dari sampel primer yang disurvei untuk mendeteksi patogen tertentu, fokusnya adalah hanya menganalisis satu genom yang sudah diketahui.

Metode utama untuk analisis genom tunggal adalah sekuensing amplikon dan sekuensing seluruh genom (whole-genome) dari isolat. Sekuensing amplikon menggunakan primer spesifik gen untuk memperkaya target yang telah diketahui, memungkinkan sekuensing yang sangat mendalam. Metode ini tidak memerlukan isolat yang dikultur dan dapat digunakan untuk mendeteksi gen spesifik yang telah ditentukan sebelumnya, terkait dengan identitas mikroba, mutasi AMR, atau varian yang menjadi perhatian. Sementara itu, sekuensing genom penuh pada isolat mengacu pada kultur mikroba yang telah dikenal untuk mengungkapkan sekuens genomnya, memberikan pandangan menyeluruh tentang gen-gen yang memengaruhi biologi dan fisiologinya.

Keunggulan

  • Sekuen isolat yang telah dikultur telah terbukti efektif
  • Amplikon menawarkan kecepatan dan kemudahan lebih dibandingkan dengan hybrid capture
  • Risiko mutasi yang dapat menyebabkan cakupan rendah mungkin mengharuskan pembaruan desain primer secara berkala (amplikon)

Produk

  • What it does: Whole-genome sequencing of cultured microbial isolates
  • Method: Whole-genome sequencing of isolates
  • Recommended Sequencer: iSeq 100 System, MiniSeq System, MiSeq Series, NextSeq 550 Series, NextSeq 1000, and NextSeq 2000 Systems
  • Recommended Analysis apps: SRST2 App, SPAdes Genome Assembler App
  • What it does: Targeted sequencing for identification of MTBC, 15 AMR markers, and >100 non-TB mycobacteria
  • Method: Amplicon sequencing (tNGS)
  • Recommended Sequencer: iSeq 100 System, MiniSeq System, MiSeq Series, NextSeq 550 Series, NextSeq 1000, and NextSeq 2000 Systems
  • Recommended Analysis apps: Deeplex Web App
  • What it does: Full genome sequencing of SARS-CoV-2
  • Method: Amplicon sequencing (WGS)
  • Recommended Sequencer: iSeq 100 System, MiniSeq System, MiSeq Series, NextSeq 550 Series, NextSeq 1000, and NextSeq 2000 Systems
  • Recommended Analysis apps: COVID Lineage App, DRAGEN™ Targeted Microbial App
  • What it does: Full genome sequencing of Influenza A & B
  • Method: Amplicon sequencing (WGS)
  • Recommended Sequencer: iSeq 100 System, MiniSeq System, MiSeq Series, NextSeq 550 Series, NextSeq 1000, and NextSeq 2000 Systems
  • Recommended Analysis apps: DRAGEN Targeted Microbial App
  • What it does:

    Open sequencing solution for infectious disease surveillance and microbiology research

  • Method: Amplicon sequencing 
  • Recommended Sequencer: iSeq 100 System, MiniSeq System, MiSeq Series, NextSeq 550 Series, NextSeq 1000, and NextSeq 2000 Systems
  • Recommended Analysis apps: DRAGEN Targeted Microbial App

Illumina kit for Single Genome Sequencing

Click Here