Pengertian

Mikrobiologi adalah cabang ilmu biologi yang mempelajari mikroorganisme, termasuk bakteri, virus, jamur, dan protozoa. Hubungan mikrobiologi dengan Next-Generation Sequencing (NGS) sangat erat, karena NGS memungkinkan analisis genetik mendalam terhadap komunitas mikroba dalam berbagai sampel lingkungan, seperti tanah dan air, yang dikenal sebagai DNA lingkungan (eDNA). Teknologi ini juga berperan penting dalam kesehatan hewan (animal health) dengan mendeteksi patogen yang dapat menyebabkan penyakit pada ternak, serta dalam uji kualitas pangan (food quality assessment) dengan mengidentifikasi mikroba yang dapat mempengaruhi kualitas dan keamanan produk makanan, sehingga memastikan produk tersebut aman dan memenuhi standar kualitas yang ditetapkan.

environmental DNA

Biodiversity Monitoring

Air Quality Monitoring

Water Quality Monitoring

Detection of Rare or Invasive Species

Biosecurity

Diet Analysis

Plant Polinator Interaction

Environmental Impact Assesment

Ancient Ecosystem

Aplikasi eDNA lainnya

Oceanomics
Click Here
Waste Water Surveillance
Click Here

Metagenomics

Metagenomik merupakan studi deteksi berbagai macam jenis susunan populasi mikrobial (bakteri, jamur, fungi, dan protozoa) pada suatu sampel lingkungan. 

Shotgun Metagenomic adalah teknik sekuensing genom yang menargetkan seluruh DNA dalam sampel lingkungan secara acak, memungkinkan identifikasi dan analisis komprehensif dari berbagai organisme mikroba dalam komunitas tanpa perlu mengkulturkan mereka terlebih dahulu. Teknik ini sering digunakan untuk mempelajari keanekaragaman mikroba dan fungsinya dalam ekosistem.

16S Metagenomic adalah metode sekuensing yang fokus pada gen 16S rRNA, yang terdapat pada semua bakteri dan archaea, untuk mengidentifikasi dan mengklasifikasikan mikroba dalam sampel. Teknik ini digunakan untuk menganalisis komposisi komunitas mikroba dan membandingkan keanekaragaman bakteri di berbagai lingkungan atau kondisi tanpa memerlukan pengurutan seluruh genom.
Manfaat
  • Berbagai macam jenis mikrobial yang terdapat pada sampel lapang dapat diketahui secara cepat dan akurat.
  • Tidak memerlukan kultur media mikroba untuk proses deteksi
  • Dapat melakukan deteksi spesies dengan jumlah sampel puluhan hingga ratusan dalam satu kali sekuensing
  • Dapat mendeteksi spesies yang unculturable (tidak dapat dikultur dengan media)

Kesehatan Hewan & Uji Kualitas Pangan

Kesehatan Hewan (Animal Health)
  • Diagnostik hewan
  • Manajemen & pelacakan wabah
  • Pemuliaan hewan (seleksi ternak juvenil dan screening IVF ternak)
  • Genotyping dengan microarray/sequencing
Kualitas Pangan (Food Quality)
  • Resistensi antimikroba
  • Microbiome makanan
  • Struktur mikrobiodata
  • Penemuan sifat ketahanan pangan
  • Pengujian keamanan & otensitas makanan

Panel Mikrobiologi